一、培訓(xùn)班上課內(nèi)容、

上課內(nèi)容涵蓋“基因組學(xué)—蛋白質(zhì)組學(xué)—系統(tǒng)生物學(xué)”的研究方法、技術(shù)思路、前沿進展及其在各生物學(xué)科中的應(yīng)用。

核心課程包括：

1. 基因組的比較研究? ? （于軍 教授）

2. 大規(guī)模測序方法及應(yīng)用、微生物基因組學(xué)、基因組學(xué)與精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)（胡松年教授）

3. 系統(tǒng)生物學(xué)導(dǎo)論及高通量分析技術(shù)應(yīng)用（楊軍?教授）

4. 系統(tǒng)生物學(xué)建模分析（陳銘?教授）

5.?比較基因組學(xué)應(yīng)用（徐建紅 教授）

6.??動植物基因組進化 （張亮生 教授）

7.遺傳學(xué)在疑難未診斷疾病中的應(yīng)用（俞曉敏 研究員）

8.??基因組學(xué)在醫(yī)學(xué)中的應(yīng)用（周青? 教授）

二、培訓(xùn)班上機內(nèi)容

本研習(xí)班上機實習(xí)課采用 “跟我學(xué)”方式，學(xué)習(xí)實踐各類基礎(chǔ)生物信息學(xué)軟件，每人一臺PC機跟著大屏幕一步步學(xué)會基因組、蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)分析的基本方法。

主要內(nèi)容如下：

實習(xí)一：基因組數(shù)據(jù)注釋和功能分析

通過序列比對工具BLAST的學(xué)習(xí)，了解基因功能注釋的原理；介紹多序列聯(lián)配工具ClustalX及分子進化分析軟件MEGA4，掌握系統(tǒng)發(fā)生樹繪制的基本方法，認(rèn)識基因復(fù)制在進化上的功能；學(xué)習(xí)基因序列分析常用的數(shù)據(jù)庫和軟件。

實習(xí)二：轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析

介紹轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析的基本流程及其原理；通過對tophat、cufflinks、R等轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析工具的介紹及演示，了解基于二代測序數(shù)據(jù)的轉(zhuǎn)錄組分析流程及常用分析方法；利用kegg、GOstat、DAVID等在線工具挖掘轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的生物學(xué)意義。

實習(xí)三：蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與功能分析

從數(shù)據(jù)庫搜索感興趣的蛋白質(zhì)氨基酸序列開始，接著對蛋白質(zhì)基本理化性質(zhì)、二級結(jié)構(gòu)、和三維空間結(jié)構(gòu)和序列模體進行分析，預(yù)測目標(biāo)蛋白的生物功能。

實習(xí)四：蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)分析

使用X！Tandem、Mascot、Sequest等軟件鑒定蛋白質(zhì)質(zhì)譜數(shù)據(jù)，將質(zhì)譜結(jié)果匹配到蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫鑒定蛋白；使用TPP軟件包進行統(tǒng)計學(xué)分析和優(yōu)化檢索結(jié)果練習(xí)。

實習(xí)五：系統(tǒng)生物學(xué)軟件實習(xí)—–網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)顯示與分析

利用Cytoscape系統(tǒng)生物學(xué)分析軟件，分析蛋白－蛋白相互作用，展示分子網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)，并與基因表達等數(shù)據(jù)整合。