2024年5月26-6月1日·浙江大學第63期“基因組科學”研習班招生通知

上機實習:?基因組數(shù)據(jù)注釋和功能分析;R語言數(shù)據(jù)分析與繪圖;蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與功能分析;蛋白質(zhì)組學數(shù)據(jù)分析;系統(tǒng)生物學軟件實習—–網(wǎng)絡結(jié)構(gòu)顯示與分析;單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析實例;轉(zhuǎn)錄組與空間轉(zhuǎn)錄組整合分析
百人平臺攜手科研:
至今我們已舉辦62期,每期近百人,學員遍布全國30余個省市。每次研習班都有近30%教授、研究員等高級職稱技術(shù)人員參加。他們中有一些帶著課題或問題前來交流和聯(lián)系;也有的通過研習班建立了協(xié)作關系,共同申請課題,發(fā)表論文,其中不少優(yōu)秀研究成果,已在SCI期刊上發(fā)表。






一、培訓班上課內(nèi)容
上課內(nèi)容涵蓋“基因組學—蛋白質(zhì)組學—系統(tǒng)生物學—單細胞組學”的研究方法、技術(shù)思路、前沿進展及其在各生物學科中的應用。


二、培訓班上機內(nèi)容
本研習班上機實習課采用 “跟我學”方式,學習實踐各類基礎生物信息學軟件,每人一臺PC機跟著大屏幕一步步學會基因組、蛋白質(zhì)組學數(shù)據(jù)分析的基本方法。
主要內(nèi)容如下:
實習一:基因組數(shù)據(jù)注釋和功能分析
通過序列比對工具BLAST的學習,了解基因功能注釋的原理;介紹多序列聯(lián)配工具ClustalX及分子進化分析軟件MEGA4,掌握系統(tǒng)發(fā)生樹繪制的基本方法,認識基因復制在進化上的功能;學習基因序列分析常用的數(shù)據(jù)庫和軟件。
實習二:R語言數(shù)據(jù)分析與繪圖
介紹轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析的基本流程及其原理;通過對tophat、cufflinks、R等轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析工具的介紹及演示,了解基于二代測序數(shù)據(jù)的轉(zhuǎn)錄組分析流程及常用分析方法;利用kegg、GOstat、DAVID等在線工具挖掘轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的生物學意義。
實習三:蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與功能分析
從數(shù)據(jù)庫搜索感興趣的蛋白質(zhì)氨基酸序列開始,接著對蛋白質(zhì)基本理化性質(zhì)、二級結(jié)構(gòu)、和三維空間結(jié)構(gòu)和序列模體進行分析,預測目標蛋白的生物功能。
實習四:蛋白質(zhì)組學數(shù)據(jù)分析
使用X!Tandem、Mascot、Sequest等軟件鑒定蛋白質(zhì)質(zhì)譜數(shù)據(jù),將質(zhì)譜結(jié)果匹配到蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫鑒定蛋白;使用TPP軟件包進行統(tǒng)計學分析和優(yōu)化檢索結(jié)果練習。
實習五:系統(tǒng)生物學軟件實習—–網(wǎng)絡結(jié)構(gòu)顯示與分析
利用Cytoscape系統(tǒng)生物學分析軟件,分析蛋白-蛋白相互作用,展示分子網(wǎng)絡系統(tǒng),并與基因表達等數(shù)據(jù)整合。
實習六:? 單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析實例
研究單個細胞內(nèi)的基因表達情況,解析單個細胞的行為、機制及其與機體的關系成為了現(xiàn)實。
實習七:轉(zhuǎn)錄組與空間轉(zhuǎn)錄組整合分析?
從空間層面上解析RNA-seq數(shù)據(jù)的技術(shù),從而解析單個組織切片中的所有mRNA,從而能夠定位和區(qū)分功能基因在特定組織區(qū)域內(nèi)的活躍表達。
三、培訓對象
1. 無生物信息學背景,希望了解生物信息學的學員;
2. 計劃開展各類組學研究的科研人員;
3. 已有組學數(shù)據(jù)需了解分析方法的研究人員;
4. 有志從事生物信息學相關工作的學生或者技術(shù)人員。
四、主要師資
于??軍??研究員
中國基因組學研究奠基人之一
華大基因研究中心(中國科學院北京基因組研究所)的主要創(chuàng)始人之一
曾擔任國家科技部重大科學計劃轉(zhuǎn)錄組研究首席科學家。多年來致力于基因組學、生物信息學研究、推動測序技術(shù)發(fā)展。1997年任職于美國華盛頓大學人類基因組研究中心,是早期參與人類基因組計劃的唯一華人科學家;1998年回國推動了中國科學家參與人類基因組計劃。除了主持 “人類基因組計劃北京部分”,又先后主持了“中國雜交水稻基因組計劃”、“家蠶基因組計劃”、“雞基因組多態(tài)性研究計劃”、“中-沙椰棗基因組計劃”等多項大型基因組研究計劃。先后獲得2002年中國科學院“百人計劃”(海外杰出人才)、2002年度香港求是科技基金會“求是杰出科技成就獎”、2002年《科學美國人》雜志評首屆“年度全球科研領袖”、2003年度“中國科學院杰出科技成就獎”,2012年度“發(fā)展中國家科學院農(nóng)業(yè)獎”。目前擔任Genes分子遺傳學和基因組學專欄 (Section: ‘Molecular Genetics and Genomics’) 的客座編輯。
胡松年??研究員
中國科學院微生物研究所研究員
曾擔任中國科學院遺傳與發(fā)育研究所人類基因組中心總工程師,并作為主要負責人參與和完成了國際人類基因組計劃(Human Genome Project)中國卷測序項目。開發(fā)基于單細菌水平的宏基因組檢測技術(shù)與新型建庫技術(shù),為宏基因組研究提供精準采樣與檢測的實驗基礎;開發(fā)對于整體代謝調(diào)控網(wǎng)絡、微生物群落進化與疾病表型關系的分析工具,為精準醫(yī)學的應用提供分析手段。圍繞微生物組學研究與動、植物、人體多組學數(shù)據(jù),構(gòu)建全息組學研究平臺,對不同樣本提供前期收集、實驗流程的質(zhì)控方法,進而能夠?qū)﹂L期樣本進行橫/縱向比較。對微生物重要基因及功能元件進行鑒定與挖掘,分析微生物基因組元件的進化與傳遞機制特征,預測新功能元件,為合成生物學、微生物組、基因組編輯等提供基礎數(shù)據(jù)。
楊 ?軍 教授
教育部新世紀優(yōu)秀人才支持計劃入選者
浙江省“151”人才第二層次入選者、
主要研究通過分子生物學、系統(tǒng)生物學技術(shù)研究化學損傷,尤其是DNA損傷應激的分子機制。已發(fā)表研究論文150余篇,其中SCI論文100余篇。主持國家重點基礎研究計劃(973)子課題1項、國家高技術(shù)研究發(fā)展規(guī)劃項目(863)1項、科技部國際科技合作專項1項、國家自然科學基金7項及其他省部級項目多項。擔任國際環(huán)境誘變劑學會(IAEMSG)、亞洲環(huán)境誘變劑學會(AAEMS)理事,中國環(huán)境誘變劑學會副秘書長、常務理事,致突變專委會主任委員,外事工作委員會主任委員,浙江省毒理學會副理事長。
鐘伯雄??教授
浙江大學動物科學學院教授
開展了家蠶絲腺蛋白質(zhì)組、以及與野蠶后部絲腺的比較蛋白質(zhì)組學研究,發(fā)現(xiàn)蠶繭優(yōu)質(zhì)高產(chǎn)主要是核糖體蛋白代謝通路提高;(2)開展了蛋白翻譯后修飾研究,明確了與蠶繭優(yōu)質(zhì)高產(chǎn)相關的蛋白質(zhì)磷酸化特征;(3)建立了高效轉(zhuǎn)基因方法,采用TALEN技術(shù)在家蠶胚胎時期成功獲得基因定點插入研究結(jié)果、采用CRISPR-Cas9技術(shù)成功突變家蠶重要功能基因,獲得穩(wěn)定遺傳突變品種(4)開展了micRNA研究工作,揭示了家蠶絲腺micRNA表達特征。(5)開展了家蠶生物反應器研究,獲得了機械性能優(yōu)良的家蠶蜘蛛復合絲新材料。在JPR、BMC Genomics、IBMB、遺傳學報、蠶業(yè)科學等國內(nèi)外雜志發(fā)表相關論文160多篇。
陳??銘?教授
浙江大學生物信息學學科帶頭人
擔任浙江省生物信息學學會理事長
長期從事生物信息學與系統(tǒng)生物學方面的科教工作,致力于組學大數(shù)據(jù)整合與挖掘,非編碼RNA生物信息學研究、生物網(wǎng)絡建模分析以及精準醫(yī)學方面的科學研究。共發(fā)表學術(shù)論文200余篇,Google Scholar H指數(shù)43?,F(xiàn)曾擔任中國系統(tǒng)仿真學會生命系統(tǒng)建模仿真專業(yè)委員會副主任委員、中國運籌學會計算系統(tǒng)生物學分會理事會常務理事、中國細胞生物學學會功能基因組信息學與系統(tǒng)生物學分會理事、中國醫(yī)藥生物技術(shù)協(xié)會生物醫(yī)學信息技術(shù)分會委員會委員;教育部“新世紀優(yōu)秀人才”,浙江省“151人才工程”第一層次。
徐建紅?教授
浙江大學作物科學研究所副所長,博士生導師
浙江省作物種質(zhì)資源重點實驗室副主任
主要從事植物分子生物學與基因組學研究,主要的研究方向是基于大數(shù)據(jù)與基因編輯技術(shù)在基因表達的表觀調(diào)控(DNA甲基化和miRNA),種子品質(zhì)性狀形成的分子機理,作物轉(zhuǎn)座子分子標記的開發(fā)與轉(zhuǎn)座機理研究以及水稻溫敏不育系的選育與育性轉(zhuǎn)育機理和基因與基因組的分子進化等。主要研究內(nèi)容已在PNAS、Genome Research、Molecular Biology and Evolution、PLoS Genetics、Molecular Plant、Plant Journal、Plant Biotechnology Journal等高質(zhì)量期刊上發(fā)表。
張亮生?教授
浙江大學求是特聘教授?博士生導師
圍繞觀賞植物(花卉)種質(zhì)資源挖掘和利用、基因組學和功能基因挖掘等方向,開展王蓮等睡蓮、杜鵑花、月季、百合、鳶尾等我國具資源優(yōu)勢的花卉的基因組學和生物信息學等研究,重點聚焦花卉主要性狀形成的關鍵基因挖掘和利用,如花發(fā)育和花色花香等性狀,長遠目標是開展花卉分子遺傳育種以培育花卉新品種。2016年以來,以通訊或第一作者(包括共同)在Nature、Plant Biotechnology Journal、Plant Journal、Molecular Plant等國際著名期刊發(fā)表論文近30篇。領導團隊在國際上首次解析了睡蓮基因組,該重大研究成果于《自然》(Nature)上發(fā)表,揭示了早期開花植物的起源和進化特征,發(fā)現(xiàn)了藍色花瓣和花香關鍵合成基因。
谷紅倉 研究員
中科院合肥研究院健康與醫(yī)學技術(shù)研究所二級研究員,博士生導師
2004年博士畢業(yè)于美國肯塔基大學;2004年8月至2006年7月在哈佛大學醫(yī)學院病理系從事博士后工作;2006年7月加入哈佛大學&麻省理工學院博德研究院(The Broad Institute of Harvard and MIT)任研究員I;2013年7月晉升為研究員ll并任職至2018年6月。谷紅倉博士在2018年7月到2020年6月期間參加由美國醫(yī)學遺傳專家委員會(American Board of Medical Genetics and Genomics, ABMGG)與美國俄克拉荷馬大學醫(yī)學院聯(lián)合舉辦醫(yī)學遺傳學??瀑Y質(zhì)培訓 , 現(xiàn)為ABMGG執(zhí)業(yè)專家。自2018年7月至今,兼職于哈佛大學&麻省理工學院博德研究院任客座研究員。2020年10月加入中科院合肥研究院。
五、證書發(fā)放


六、收費標準:
4800/人(含教材,轉(zhuǎn)賬、刷卡、支付寶)
戶 ? ?名:浙江大學
帳 ? ?號:19042201040000014
開戶銀行:農(nóng)行杭州市浙大支行紫金港分理處 ?(匯單上務必寫上:培訓上機號)
培訓發(fā)票由浙江大學計財處開具電子票據(jù)。
住宿可統(tǒng)一安排,費用自理。
聯(lián) 系 人:vicolee2021
因本課程天數(shù)較多,報名學員因故缺席部分課程,可聯(lián)系會務組在后續(xù)培訓班中免費旁聽。


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