俗話說,一朝被蛇咬,十年怕井繩。一條蛇究竟能有多毒?

據(jù)科學家統(tǒng)計,蛇類的特異性死亡率在2%左右。其中一些致死率更高的蛇類,如眼鏡王蛇,其致死率高達60%,被咬后30分鐘得不到救治就會導致死亡。

然而,一個多世紀以來,蛇毒治療方法幾乎沒有變化,相關抗體提取不僅成本高昂,且作用有限。現(xiàn)在,2024年諾貝爾化學獎得主、被喻為“上帝之手”的美國華盛頓大學醫(yī)學院教授David Baker與丹麥技術大學的Timothy Patrick Jenkins帶領合作團隊,利用人工智能(AI)技術開發(fā)出一種可中和致命眼鏡蛇毒素的新型蛋白質,有望解決這一困擾醫(yī)學界的百年難題。相關研究成果1月15日發(fā)表于《自然》。

“這項研究是開創(chuàng)性的,在幫助治療蛇咬傷者方面開辟了一個全新的研究領域。毫無疑問,這么出色的研究值得在《自然》雜志上發(fā)表。”該論文的一位國際審稿人說。

諾獎得主破解百年難題:AI設計蛋白質中和蛇毒-肽度TIMEDOO

圖片來源:Pixabay

致命蛇毒

蛇毒復雜且致命,每年威脅著數(shù)百萬人的生命。

據(jù)世界衛(wèi)生組織統(tǒng)計,全球每年有180萬至270萬人受毒蛇咬傷影響,約10萬人因此喪生,30萬人永久性殘疾。

蛇咬傷導致的中毒是一個全球性的健康問題,尤其在熱帶和亞熱帶地區(qū)。特別是對撒哈拉以南非洲、南亞、巴布亞新幾內(nèi)亞和拉丁美洲等資源匱乏地區(qū)的公共衛(wèi)生安全構成挑戰(zhàn)。

世界上現(xiàn)存蛇類有3,000多種,其中約600種有毒。尤其是蝰蛇科(如蝮蛇)和眼鏡蛇科(例如,環(huán)蛇和眼鏡蛇)引起的蛇咬傷,對人類生命構成的威脅最為嚴重。

蛇毒含有多種復雜的蛋白質和酶,能夠迅速引發(fā)組織損傷、出血、神經(jīng)功能障礙甚至死亡。蛇毒中的三指毒素(3FTxs)是一類高致命的神經(jīng)毒素,能夠迅速引發(fā)一系列病理效應,包括肌肉癱瘓、呼吸衰竭和組織壞死。該毒素通過與受害者體內(nèi)的煙堿型乙酰膽堿受體(nAChRs)結合,干擾正常的神經(jīng)傳導,導致生命威脅的神經(jīng)毒性。

然而,一直以來,醫(yī)學界的治療手段主要依賴于從免疫動物——接種蛇毒抗原的馬和羊的血清中,提取的多克隆抗體。但該方法存在多個問題,如高昂的成本、有限的效力,以及偏遠地區(qū)的不可達性。此外,這些抗體可能引起嚴重的副作用,如過敏反應和發(fā)熱,且在對抗某些蛇毒中的低免疫原性毒素時效果不佳。

“抗蛇毒血清的安全性和有效性各不相同,必須由訓練有素的工作人員在健康診所給藥,這限制了它們的實用性?!备缢惯_黎加大學克洛多米羅皮卡多研究所的毒素學家Jose Maria Gutierrez說。

對此,中山大學附屬第一醫(yī)院中醫(yī)內(nèi)科主治醫(yī)師張瑜也表示,若患者未按醫(yī)囑或未經(jīng)專業(yè)人員指導自行使用蛇毒血清,可能會導致不良反應,如發(fā)熱、皮疹等。此外,部分人群可能對蛇毒血清過敏,無法使用。

蛇毒治療是否存在替代性方案?現(xiàn)在,百余年來醫(yī)學界一直致力于回答的問題終于有了出路。

諾獎得主破解百年難題:AI設計蛋白質中和蛇毒-肽度TIMEDOO

圖片來源:Pixabay

游戲改變者

鑒于蛇毒成分的復雜性,Baker與Jenkins合作團隊將攻略重點放在了高致命的三指毒素3FTxs上,后者通常是基于免疫動物制備的抗蛇毒素失效的原因。

他們采用了深度學習技術,特別是一種叫作RFdiffusion的方法,來設計全新的蛋白質結構。該方法可以讓他們從頭開始設計蛋白質,而不是依賴于自然界存在的蛋白質。

基于此,研究團隊聚焦設計蛋白質與3FTxs的β-折疊片之間的相互作用,并利用二級結構和塊鄰接張量來指導RFdiffusion模型,確保設計出的蛋白質能夠與毒素的特定結構域正確配對。通過這種方式,研究團隊成功創(chuàng)造出專門針對三指毒素3FTxs的蛋白質,這些蛋白質在體外實驗中有效地中和了所有三種3FTx亞家族。

“這些蛋白在小鼠身上展現(xiàn)的神經(jīng)毒素保護效果十分驚人?!闭撐墓餐ㄓ嵶髡逬enkins說。研究結果顯示,小鼠存活率為80%~100%,具體取決于確切的劑量、毒素和設計的蛋白質。

研究者開發(fā)的新蛋白不僅可在小鼠模型中保護其免受致命的神經(jīng)毒素威脅,且具有高穩(wěn)定性,易于通過微生物發(fā)酵策略生產(chǎn),有望降低成本,提高抗蛇毒療法的可獲得性。

“我們開發(fā)的抗毒素血清僅通過計算方法就能輕松發(fā)現(xiàn),其生產(chǎn)成本低,并且在實驗室測試中表現(xiàn)穩(wěn)定?!盉aker說。

這些特點使得這一研究被許多人認為是蛇毒治療的“游戲改變者”?!蹲匀弧穼徃迦艘脖硎?,這項研究對生物學領域一個非常重要的問題做出了堅實的貢獻。

“3 FTxs毒素非常難用動物來源的抗體中和,是蛇毒中毒病理生理學的核心問題。由于這類蛇毒每年會奪去數(shù)萬人的生命,因此解決問題十分迫切?!痹撜撐囊晃粐H審稿人說,“這項研究是開創(chuàng)性的,在幫助治療蛇咬傷者方面開辟了一個全新的研究領域。

”藥物開發(fā)“新窗口”

2003年,Baker團隊成功設計出世界上第一個并不存在于自然界中的蛋白質——Top7。雖然Top7只具有結構而無功能,但這標志著從頭設計蛋白領域的重大突破。

現(xiàn)在,AI從頭設計蛋白成功解決百年蛇毒治療難題,表明相關技術可用于對付那些傳統(tǒng)上難以有效解決的有害蛋白質。這也為未來藥物研發(fā)打開了一扇新的窗口。

但從頭設計蛋白質不依賴于動物免疫,可以使用重組DNA技術制造,從而實現(xiàn)連續(xù)穩(wěn)定的蛋白質供應,且易于低成本制造,這正是有效解決蛇咬中毒這一被忽視的熱帶疾病的關鍵?!拔覀儫o需進行多輪實驗室測試就能找到表現(xiàn)良好的抗毒素。現(xiàn)在的設計軟件非常先進,我們只需測試少量分子即可?!盉aker指出。

例如,純毒素很難從整個毒液中分離,或通過重組表達生成。但在新研究中,AI設計能夠創(chuàng)建具有高親和力和特異性的結合蛋白,而無需依賴純毒素廣泛的實驗篩選程序。而且,與大抗體相比,這些設計蛋白非常小,為此能更好地滲透組織,從而快速中和毒素,避免局部組織損傷或致命威脅。

盡管研究結果令人鼓舞,但研究團隊強調(diào),在可預見的未來,傳統(tǒng)抗蛇毒素仍將是治療蛇咬傷的基石。AI設計的新型抗毒素血清可首先作為補充劑或強化劑,提升現(xiàn)有療法的有效性,直到獨立的下一代療法獲得批準。

研究團隊表示,此次研究中描述的藥物開發(fā)方法對于其他缺乏治療方案的疾病有所幫助,包括某些病毒感染。由于蛋白質設計通常比傳統(tǒng)的基于實驗室的藥物發(fā)現(xiàn)方法需要更少的資源,因此,使用相似的方法還有望為更多的常見疾病生成成本更低的新型藥物。

“除了治療蛇咬傷外,蛋白質設計還將有助于簡化藥物發(fā)現(xiàn)過程,特別是在資源有限的環(huán)境中。通過降低有效新藥的成本和資源需求,我們正在朝著每個人都能得到應有治療的未來邁出重要一步?!盉aker說。

相關論文信息:

https://doi.org/10.1038/s41586-024-08393-x

來源:中國科學報