Illumina發(fā)起的Actionable Genome Consortium于周三報(bào)告稱，非小細(xì)胞肺癌患者的游離DNA基因分型結(jié)果在大多數(shù)情況下與腫瘤組織的分型結(jié)果一致。當(dāng)組織活檢無法實(shí)施時(shí)，這一點(diǎn)特別有用。

這個(gè)聯(lián)盟由紀(jì)念斯隆凱特琳癌癥中心、Dan-Farber癌癥中心、MD Anderson癌癥中心、Grail和Illumina的研究人員組成。本周，他們?cè)凇禔nnals of Oncology》雜志上發(fā)表了這項(xiàng)成果。

研究人員分析了127名非小細(xì)胞肺癌患者的游離DNA（cfDNA）樣本，重點(diǎn)關(guān)注37個(gè)與肺癌相關(guān)的基因。他們以大約5萬倍的覆蓋度對(duì)這些基因進(jìn)行了超深度測(cè)序。此外，所有患者都接受了專業(yè)醫(yī)療中心的腫瘤組織基因分型。

腫瘤組織測(cè)序確定了91名患者的驅(qū)動(dòng)突變，而cfDNA檢測(cè)在其中68名患者中發(fā)現(xiàn)了一致的結(jié)果，敏感性達(dá)到75%。對(duì)于腫瘤測(cè)序未發(fā)現(xiàn)驅(qū)動(dòng)突變的19個(gè)樣本，cfDNA測(cè)序的一致性達(dá)到100%。另外還有17個(gè)樣本因量不足無法開展組織測(cè)序，但cfDNA檢測(cè)確定了其中4個(gè)樣本的驅(qū)動(dòng)突變。

當(dāng)研究人員評(píng)估不一致的樣本時(shí)，他們注意到了幾個(gè)因素。一個(gè)關(guān)鍵因素是患者血液中cfDNA的含量。濃度越低，cfDNA檢測(cè)發(fā)現(xiàn)突變的可能性就越小。不過，這項(xiàng)分析能夠檢測(cè)到等位基因頻率低至0.14%的變異。

另一個(gè)潛在因素是組織活檢和血液活檢的間隔時(shí)間。研究人員稱，對(duì)于23個(gè)組織活檢檢測(cè)到驅(qū)動(dòng)突變而cfDNA分析未檢測(cè)到的病例，血漿是在組織活檢后200多天采集的，因此腫瘤可能已經(jīng)進(jìn)化，或者治療降低了腫瘤負(fù)荷。不過，由于樣本量小，他們無法得出任何明確的結(jié)論。

越來越多的證據(jù)表明，cfDNA測(cè)序可作為一種非侵入性的方法，對(duì)患者腫瘤進(jìn)行基因分型。這一點(diǎn)對(duì)肺癌患者特別有利，因?yàn)榻M織活檢有時(shí)候存在風(fēng)險(xiǎn)。此次的研究結(jié)果又增添了一份證據(jù)。

值得一提的是，Guardant Health一直在努力讓血液型癌癥檢測(cè)成為一線基因分型檢測(cè)。根據(jù)他們的研究結(jié)果，Guardant的cfDNA檢測(cè)能夠比組織活檢更快鑒定出肺癌患者的更多可行動(dòng)的突變。

Actionable Genome Consortium的研究人員總結(jié)道，cfDNA分析不能替代診斷活檢的組織學(xué)確認(rèn)。他們認(rèn)為，cfDNA檢測(cè)可以在組織活檢之前使用，因?yàn)樗哂懈咛禺愋?、非侵入性且檢測(cè)周期短。不過，由于敏感性中等，故cfDNA陰性結(jié)果應(yīng)推動(dòng)組織活檢。（生物通 薄荷）

原文檢索

Ultra-deep next-generation sequencing of plasma cell-free DNA in patients with advanced lung cancers: results from the Actionable Genome Consortium

Annals of Oncology, mdz046, https://doi.org/10.1093/annonc/mdz046

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