近年來，單細(xì)胞和空間組學(xué)數(shù)據(jù)的出現(xiàn)徹底改變了生物醫(yī)學(xué)研究，為科學(xué)家提供了前所未有的細(xì)節(jié)觀察視角。然而，不同分析軟件往往得出不一致的結(jié)果，給數(shù)據(jù)解釋帶來巨大挑戰(zhàn)。

針對這一問題，意大利特倫托大學(xué)的科研團(tuán)隊聯(lián)合美國耶魯大學(xué)、挪威特隆赫姆大學(xué)、米蘭綜合醫(yī)院及國家研究委員會生物物理研究所等機(jī)構(gòu)，開發(fā)出一款名為“Cell Marker Accordion”的生物信息學(xué)工具。相關(guān)成果已發(fā)表在國際知名期刊《Nature Communications》上。

“Cell Marker Accordion不僅能夠幫助研究人員更準(zhǔn)確地鑒定細(xì)胞類型，還能讓他們明白分類背后的原因，”該項目第一作者、特倫托大學(xué)生物分子科學(xué)博士生Emma Busarello表示，“很多軟件只給出結(jié)果，卻沒有解釋依據(jù)，我們希望打造一個更加透明、實用的工具，尤其適用于臨床研究場景?！?/p>

該工具名稱中的“Accordion”（手風(fēng)琴）寓意整合多源數(shù)據(jù)，達(dá)到協(xié)調(diào)統(tǒng)一的效果。它可應(yīng)用于正常及病理狀態(tài)下的生物樣本細(xì)胞鑒定，如識別白血病干細(xì)胞或腫瘤漿細(xì)胞，并能夠提示相關(guān)基因的參與情況。

“我們不僅告訴你細(xì)胞類型，還幫助你找出賦予該細(xì)胞獨特性的基因，這對發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)志物或治療靶點至關(guān)重要，”特倫托大學(xué)細(xì)胞計算與整合生物學(xué)系教授、通訊作者Toma Tebaldi說道。

值得一提的是，該軟件兼具專業(yè)性與易用性。除了面向有編程背景的科研人員的軟件包外，團(tuán)隊還推出了擁有直觀界面的網(wǎng)頁版，方便非程序員也能輕松操作。

項目由特倫托大學(xué)Cibio系牽頭，匯聚了腦腫瘤和血液腫瘤領(lǐng)域的多支專業(yè)團(tuán)隊，合作方包括米蘭綜合醫(yī)院的Giulia Biancon、特隆赫姆大學(xué)及耶魯醫(yī)學(xué)院的Stephanie Halene等。

未來，團(tuán)隊計劃不斷更新和擴(kuò)展該工具，適配更多新型數(shù)據(jù)類型，確?？蒲薪缡冀K擁有可靠的細(xì)胞鑒定利器。

“科學(xué)軟件的生命力遠(yuǎn)不止發(fā)表論文，我們會持續(xù)維護(hù)和改進(jìn)它，讓其隨著科學(xué)進(jìn)展變得更加實用，”Tebaldi教授總結(jié)道，“這同樣是對科研的貢獻(xiàn)和服務(wù)。”

參考文獻(xiàn)：Emma Busarello et al, Cell Marker Accordion: interpretable single-cell and spatial omics annotation in health and disease,?Nature Communications?(2025).?DOI: 10.1038/s41467-025-60900-4

編輯：周敏

排版：李麗